Beliau pertama kali tinggal di Surabaya.
Sebagaimana kunjungan pertamanya di Indonesia, beliau sering berpindah tempat dari satu kota ke kota yang lain.
Kota Bondowoso menjadi tempat yang paling sering beliau singgahi, sebab dikota itu tinggal Habib Muhammad bin Ahmad Al-Muhdhor salah seorang gurunya.
Habib Muhammad Al-Muhdhor sangat menghormati Habib Ja'far.
Beliaulah yang memberi gelar "Al-Qur'an" pada Habib Ja'far.
Kala Habib Ja'far berkunjung ke rumah Habib Muhammad, sang guru itu senantiasa menyambut penuh hangat sembari berseru, "Ahlan bil Qur'an wa ahlan bi ahlil Qur'an" (Selamat datang Al Qur'an dan selamat datang Ahli Qur'an). Begitu kuat hafalan dan pemahamannya, hingga tidak jarang beliau menandai tanggal dengan ayat Al Qur'an.
Ketika Habib Ali bin Abdurrahman Alhabsyi membangun Masjid di Kwitang, Jakarta, Habib Ja'far mencatatnya dengan firman Allah Ta'ala : "Dan sembahlah Tuhanmu sampai datang kepadamu yang diyakini (ajal)." (Al-Hijr:99)
Jumlah huruf-huruf yang ada dalam ayat ini menurut hitungan Abjad arab adalah 1356, persis dengan tahun pembangunan masjid itu (1356 H). Pada kesempatan lain, ketika Habib Ali bin Abdurrohman AlHabsyi bertemu dengan Habib Ja'far, beliau mencatat tahun pertemuan tersebut dengan firman Allah: "Sesungguhnya ini adalah saudaraku." (Shod:23)
Jumlah hurufnya 1368, persis dengan tahun pertemuan itu, yakni 1368 H.
Andai pertemuan tersebut tidak berlangsung saat itu, maka tidaklah "pas" ayat yang diucapkan beliau.
Itu bukan suatu kebetulan, namun merupakan salah satu tanda kekuasaan Allah yang diberikan kepada Al-Habib Ja'far bin Syeikhon Assegaf
.
.
Semoga kita semua mendaparkan Siir serta Barokah Beliau, dan di mudahkan langkahan kita untuk dapat menghadiri Haul Beliau.
