Banyak diriwayatkan tentang karamah beliau terutama oleh orang-orang yang dekat dengan beliau atau melihatnya secara langsung.
Salah satu murid beliau dari Indonesia, isterinya hamil tetapi keguguran. Maka dia mengadukan hal tersebut kepada beliau. Kemudian beliau mengambil rida’nya (serban yang diletakkan di atas pundak) lalu memerintahkan murid tadi untuk mengikatkannya di perut istrinya. Setelah itu ternyata istrinya tidak pernah keguguran dan Alhamdulillah melahirkan seorang anak lelaki.
Ketika tiba musim haji, sebagaimana biasa rumah dan majlis beliau menjadi tempat berlabuhnya para jamaah haji. Di antara mereka ada yang datang memang menghadiri majlis ta’lim beliau, ada juga yang datang sekedar untuk mendapat keberkahan dengan memandang wajah beliau. Mereka yang datang dari berbagai penjuru dengan status masing-masing telah mendapat bagian dari majlis yang mulia itu.
Bahkan sudah menjadi maklum bahwa mereka yang datang ke tempat beliau akan mendapat hadiah tertentu, berupa kitab atau bahkan uang.
Dan ketika itu ada salah satu jamaah yang hadir melihat betapa banyak yang beliau keluarkan untuk menjamu dan menyenangkan para tetamunya itu. Sehingga terbesit di hatinya, “Dari mana Sayyid Muhammad mendapatkan ini semua?”. Tidak berapa lama beliau memanggil salah satu muridnya dan mengatakan kepadanya, “Katakan kepada orang itu (sambil memberi isyarat kepada orang yang dimaksud), Jangan bertanya darimana aku memdapatkan ini semua, tapi tanyakanlah sudah kemana aku keluarkan!”. Rupanya beliau mengetahui apa yang terlintas di hati orang tersebut.
Dan termasuk karomah beliau, setiap akan ziarah ke kota Al madinah Al Munawwarah selalu dengan isyarah dari Nabi Muhammad SAW melalui mimpi beliau atau salah satu dari muridnya. Dan seringkali beliau berziarah kepada Rasulullah SAW karena mendapat perintah atau isyarah dari Rasulullah SAW sendiri.
