1. Ketika rombongan datang berkunjung ke rumah beliau, dan diantara salah satu jamaah datang membawa sepeda motor, dan ternyata bensinnya habis, maka tidak bisa pulang, karena rumah beliau masuk di daerah desa gondanglegi, malang. Jauh dari tempat pengisian bahan bakar, maka beliau memerintahkan untuk mengambil atau membeli diseberang jalan orang jual temulawak, dan membelinya 1 botol kemudian disuruh mengisikannya di tangki bensinnya, maka kejadian yang sangat aneh begitu mesin dinyalakan hidup dan bisa berjalan sampai pulang kerumahnya.
2. Ketika rombongan datang berkunjung kerumah beliau tiba-tiba mereka sudah duduk dibawah dipan Habib Muhammad bin Abdullah Al-Jufri tiba-tiba keluar Hal-nya, maka tiba-tiba beliau dengan kata-kata isyarat mengambil korek dan membakar korden rumah beliau, semua orang terkejut sempat terbakar 10cm dan beliau mengatakan “itu dia membakar kain Ka’bah yang akan dicuri atau dipotong oleh orang-orang, maka terkejut yang di Ka’bah berlarian, karena dari bawah kain Ka’bah keluar api yang sekitar 2cm dan dipadamkan, padahal beliau mengingatkan bagi orang-orang yang di Baitullah kenapa masih sempat mencuri kain Ka’bah (Kiswah).
3. Kunjungan Hadratus Syeikh Arifin bin Ali bin Hasan bersama rombongan dimana beliau memberikan isyarat kepada rombongan itu dengan mengambil buah-buahan (jeruk) setelah dikunyah disuapkan kepada Hadratus Syeikh Arifin bin Ali bin Hasan, kemudian diambil lagi buah tersebut dikunyah tetapi tidak ditelan dan mengeluarkan air liur yang deras sehingga ditampung di mangkok, dan menyuruh rombongan untuk menyiramkan air liur tersebut ke ban mobil yang dikendarai rombongan sebagai bentuk isyarat bahwa kedudukan dari murid beliau / Jamaah Syeikh Arifin akan digantikan oleh mobil yang lebih bagus lagi dan diangkat pangkat dan derajatnya, tetapi dibalik itu menerima musibah yang dari dalam yaitu keretakkan rumah tangganya bagi si pemilik mobil. Dan sepulangnya dari ziarah rumah beliau menuju lumajang melewati turen, dan sebelum jembatan, tiba-tiba muncullah kabut putih yang menghalangi jalan, maka semua rombongan berhenti, dan disebelah mobil tersebut tampak rumah makan yang mewah,maka semua rombongan masuk kedalam rumah makan tersebut dan para murid masuk kedalamnya bahkan sang guru Syeikh Arifin ditinggal, ternyata tempat itu hanya sihir tempat tinggal dari jin/siluman. Maka antara Syeikh Arifin dan jamaah itu terpisah seperti ada tirai yang memisahkan batas pandangan mata. Maka rombongan tersebut makan apa yang ada didalam rumah makan tersebut padahal aslinya kotoran sapi dan kotoran kambing yang tanpa disadari oleh jamaah tersebut. Dan mereka asik bergembira didalamnya padahal Syeikh Arifin menunggu diluar memikirkannya, dan dari kegelapan muncul seorang yang kerdil berkuping panjang dan memakai cawat, masuk kedalam rumah makan jadi-jadian tersebut, dan mungkin dalam pandangan para murid seperti pelayan restoran pada umumnya, maka Syeikh Arifin melakukan sholat 2 rakaat, maka datanglah dari sebuah pohon seorang yang memakai jubah dengan jenggot yang panjang muncul dihadapan Syeikh Arifin sambal berkata “Hai Arifin kau tidak akan bisa menembus wilayah jin tersebut, karena ini hukuman untuk murid-muridmu yang tidak punya Akhlaq, biarkanlah ini menjadi hukuman mereka disebabkan mereka sudah berprasangka buruk saat di rumah Habib Muhammad bin Abdullah Al-Jufri, sehingga mereka pantas mendapat marah Allah dan dipermainkan oleh jin”, maka Syeikh Arifin menangis dan memohon kepada Allah SWT untuk mengampuni mereka karena ketidak tahuan mereka, padahal sebelum berangkat mereka sudah diperingatkan oleh Syeikh Arifin agar tidak mempunyai prasangka buruk terhadap Wali-wali Allah, namun dikarenakan ilmu agama dan keimanannya sangat lemah, mereka tidak mampu menerima hal-hal yang aneh dan ganjil dari Habib Muhammad bin Abdullah Al-Jufri, maka diperintahkan oleh seorang yang tua tadi untuk mengencingi tirai pembatas tersebut, karena doa segala macam tidak mampu menyadarkan mereka dari sihir jin tersebut, maka sobeklah tirai tersebut seperti keluar asap dan terbuka, maka tersadarlah orang-orang yang didalamnya ketika menyadari apa yang dimakannya sehingga banyak yang muntah karena merasa jijik dengan apa yang dimakannya yang sudah di sihir oleh jin. Maka untuk bukti beliau menyuruh mengambil para murid untuk mengambil gambar sebagai bukti rumah makan tersebut ada atau tidak, ternyata setelah film kamera dicetak tidak ada rumah makannya. Maka esok harinya dibuktikan kembali untuk dilacak keberadaanya pada siang hari, ternyata hanya menemukan pepohonan dan tidak ada restoran tersebut, inilah keramat Habib Muhammad bin Abdullah Al-Jufri tentang mengingatkan kita agar tidak berprasangka buruk terhadap Wali-Wali Allah.
4. Ada seorang alim yang besar dan memiliki pengetahuan yang luas, mendengar ada seorang wali yang besar di gondanglegi yaitu Habib Muhammad bin Abdullah Al-Jufri, namun alim tersebut sangka buruk karena melihat Habib tidak pernah terlihat sholat, hanya duduk diatas kasurnya dan meludah, dan hanya bermain isyarat, maka alim yang ahli syariat ini tidak percaya kalau dia adalah Wali Allah, maka saat malam alim tersebut sholat istiqoroh untuk meminta petunjuk kepada Allah SWT, maka didalam mimpinya dia melihat Habib Muhammad bin Abdullah duduk di sebuah singgasana diatas banyaknya Wali Allah, dan singgasananya terbuat dari emas, maka setelah terbangun , setelah subuh beliau langsung menuju ke rumah Habib Muhammad untuk berziarah dan meminta maaf atas prasangka yang salah terhadap Habib Muhammad, maka dia bergegas menuju garasi mobilnya untuk naik mobilnya, ternyata didalam mobil tersebut ada Habib Muhammad bin Abdullah sudah berada didalam mobil tersebut, maka kata Habib Muhammad Al-Jufri “wahai saudaraku engkau tidak perlu jauh-jauh datang kerumahku, aku sudah memaafkanmu dan kau tidak perlu repot datang”, maka setelah itu beliau yang alim dan faqih terhadap ilmu, memuliakan Habib Muhammad dengan memberikan pakaian yang bagus, namun Habib Muhammad menolak, dan lebih suka berpakaian dengan baju tentara dan kaos kaki yang longgar, dan menceburkan dirinya kedalam selokan, dimandikan maka diceburkan lagi, sampai badannya sangat kotor dan dibiarkan, padahal itu adalah isyarat yang sangat tinggi bagi orang yang mempelajari ilmu hikmah yang tinggi, itulah sosok orang yang tidak terkenal dibumi tapi mulia dilangit dan memiliki singgasana dan derajat yang tinggi di sisi Allah SWT.
5. Banyak kunjungan ulama-ulama dan kyai berziarah kerumah beliau, kemudian beliau dengan isyaratnya mengambil beras 1Kg, kemudian beras itu dilemparkan ketanah, kemudian memerintahkan jamaah atau muridnya untuk menggendong turun dari dipannya dan beliau menginjak-injak beras ini ditanah sampai masuk ketanah, dan beliau menangis sambil mengambil beras tersebut dan memakannya kemudian memuntahkannya dihadapan para ulama dan kyai tersebut, itu adalah isyarat betapa banyaknya manusia yang mencari rezeki yang haram bahkan terhina yang sudah di injak-injak demi kepentingan perutnya, bahkan menjual agamanya sekalipun. Kemudian beliau memberikan ijazah kepada Syeikh Arifin dengan menulis tangan pada kertas “Yaa Lathif” karena beliau setiap orang yang berziarah kesana selalu beliau menulis “Yaa Lathif” ternyata dengan ijazah tersebut mengandung sebuah rahasia yang besar, bagi para wali-walinya Allah SWT. Dan beliau memerintahkan Syeikh Arifin membaca Simthud Dhurar sampai lututnya berhadapan sambil beliau memakan jeruk dan dengan air liurnya dimuntahkan dan diberikan untuk Syeikh Arifin agar dimakannya, Sambil menunjuk foto Syeikh Abdul Qadir Jailani, kemudian diteruskan menunjuk ke dada Syeikh Arifin seolah ingin berkata bahwa Syeikh Abdul Qadir ada didalam hati Syeikh Arifin bin Ali bin Hasan.
