Pada usia 40 tahun Habib Zein hijrah dari Hadramaut ke Kalimantan Selatan bersama keluarga beliau, dan beliau memilih Martapura sebagai tempat bermukim. Sedangkan saudara beliau lainnya yaitu Habib Ahmad al-Habsyi, Habib Umar, Habib Salim al-Habsyi memilih tinggal di Banjarmasin.
Pada usia 40 tahun Habib Zein hijrah dari Hadramaut ke Kalimantan Selatan bersama keluarga beliau, dan beliau memilih Martapura sebagai tempat bermukim. Sedangkan saudara beliau lainnya yaitu Habib Ahmad al-Habsyi, Habib Umar, Habib Salim al-Habsyi memilih tinggal di Banjarmasin.